Els rius d'Estònia són molt petits i, entre els set-cents rius del país, només nou poden presumir de superar la marca dels cent quilòmetres.
Riu Piusa
Piusa passa pels territoris de dos estats: la República d’Estònia i Rússia. La longitud total del llit del riu és de noranta-tres quilòmetres. La divisió és la següent: Estònia posseeix vuitanta quilòmetres de Piusa; la proporció del territori rus va representar tretze quilòmetres. La superfície total de captació és de 796 quilòmetres quadrats.
La font del riu es troba a les terres estonianes a les aigües del llac Alasjärv (el poble de Villa, situat en direcció sud-oest del poble de Vastseliina - dotze quilòmetres). La desembocadura del riu és un mirall del llac Peipsi, no gaire lluny del poble de Budovizh. A la confluència, el Piusu es divideix, desembocant al llac en dues branques.
El curs mitjà del riu - divuit quilòmetres entre els pobles de Vastseliina i Saetamme - discorre per un bell buit. Va ser ella qui es va convertir en el lloc on s’organitzava la reserva. Va ser fundada el 1965 i té una superfície total de més de nou quilòmetres quadrats.
Riu Võhandu
Võhandu és la via fluvial més llarga de la república. La seva longitud total és igual a cent seixanta-dos quilòmetres. La font de Võhandu es troba prop del poblat estonià de Saverna. Després, transita per les profunditats del llac Jiksi i completa el viatge, connectant-se amb les aigües del llac Warm. Això passa no gaire lluny del poble de Võõpsu.
Cal destacar que abans del llac Vagula, els residents anomenaven aquest riu Pyhajõgi, però després de la seva sortida de les seves aigües - Voo.
Els vaixells naveguen al llarg del riu pel tram delimitat pel llac Peipsi i el port situat al territori del poble de Võõpsu. Nombrosos corrents són els principals proveïdors d’aigua de Võhandu.
Riu Pärnu
Pärnu és un riu estonià amb una longitud total de cent quaranta-quatre quilòmetres. La superfície total de captació és de gairebé set quilòmetres quadrats. La font del riu és un llac en miniatura amb origen primaveral (no gaire lluny de Roosno-Alliku), però finalitza la ruta Pärnu, que desemboca a les aigües de la badia de Pärnus (part del golf de Riga, la zona d’aigües del Bàltic).
El riu s’alimenta mixt. I si a la part alta, les aigües subterrànies es converteixen en proveïdores, llavors a la part baixa hi ha pluges. El riu no sempre es congela a l’hivern. Si això passa, el gel es forma a partir de la segona dècada de desembre i s’allarga fins a finals de març.
El riu és navegable només a prop del lloc de la seva confluència. El llit del riu està bloquejat per preses en onze llocs.
