Els rius de Tadjikistan tenen un cabal ple i pertanyen principalment a la conca del mar d’Aral. I només uns quants desemboquen a les aigües del llac Karakul o del riu Tarima.
Riu Amu Darya
El canal de l'Amu Darya passa pel territori de quatre països alhora: Afganistan, Tadjikistan, Uzbekistan i Turkmenistan. La longitud total del canal és de 2.400 quilòmetres. D’aquests, 1.415 quilòmetres passen pel país. La font de l'Amu Darya està formada per la confluència de dos rius: Vakhsh i Pyanj. La desembocadura del riu són les aigües del mar d’Aral (a la confluència forma un gran delta).
Hi ha pocs afluents a prop del riu. De mitjana, l'Amu Darya rep les aigües de Kafirnigan, Surkhandarya i Sherebad, així com un afluent esquerre: el riu Kunduz. I, a més, fins al lloc de confluència, ja no hi ha afluents. Les aigües del riu s’utilitzen activament i, per tant, l’Amu Darya no arriba al mar d’Aral. Això és precisament el que es va convertir en un dels motius del seu assecat.
A les aigües de l'Amu Darya, hi ha força varietats de peixos diferents: asp; home calb; silur aral; daurada; peix sabre; carpa de plata; Amur blanc; odi.
Riu Vanj
Un dels rius, el canal del qual es troba exclusivament al territori de Tadjikistan. És un afluent dret del riu Pyanj. La longitud total del riu és de 103 quilòmetres. La font està formada per la confluència de dos rius: un descendeix de les glaceres de la carena de Vanch i l’altre de la carena de l’Acadèmia de Ciències (vessant occidental). El canal discorre entre les dorsals de Vanch i Darvaz.
Riu Kashkadarya
Territorialment, el llit del riu passa per les terres de Tadjikistan (regió de Sughd) i Uzbekistan (regió de Kashkadarya). Convencionalment, el riu té tres noms: a la part superior - Obikhunda; el curs mitjà: Shinachasai; inferior: Maimanakadarya.
La longitud total del canal és de 378 quilòmetres. La font del riu es troba a una altitud de 2960 metres sobre el nivell del mar i està formada per dos rius sense nom. Afluents principals: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Riu Muksu
La longitud total del canal és de 88 quilòmetres. Muksu es troba a la regió de Jirgatal, al Tadjikistan. La font és la confluència de dos rius: Seldara i Sauksoy (glaceres Fedchenko i Bolshoi Saukdar).
Riu Kuzylsu
Kyzylsu, que significa "riu vermell", travessa el territori de Kirguizistan i Tadjikistan. La font són els vessants de la serralada Trans-Alai. La longitud total del canal és de 235 quilòmetres. A la confluència amb el riu Muksu, dóna lloc al riu Vakhsh.
Riu Vakhsh
La longitud total del canal del riu és de 786 quilòmetres i tots passen pel territori de Tadjikistan. La font del riu es troba als vessants del Pamir, però el lloc de la seva confluència amb les aigües del riu Pyanj dóna lloc al gran Amu Darya. El riu és la principal font de reg i de generació d’energia.
