Vologda es troba a la riba dreta del riu homònim, que és una antiga via fluvial que connectava aquesta ciutat a través de les conques dels rius Sukhona i Sheksna amb Arkhangelsk.
Per primera vegada en fonts històriques, la ciutat va ser esmentada al segle XII. Al segle XV, Vologda fou governada per Veliky Novgorod. Des de 1462 durant vint anys, Vologda va ser el centre del principat dels apanatges, però a partir del 1481 va caure sota el domini del principat de Moscou, el governant del qual era aleshores Ivan III.
El 1565 Ivan el Terrible va decidir instal·lar la seva segona residència oprichnina a Vologda. Aquí volia construir un Kremlin de pedra i una fortalesa. Milers d'artesans i camperols van ser portats a Vologda, i la construcció va ser dirigida per l'enginyer anglès H. Locke. Al pla, el Kremlin era un rectangle. Al costat nord, estava protegit pel riu Vologda i, a banda i banda, es va excavar un fossat amb aigua. Però la incursió del Khan de Crimea el 1571 i la pesta que va començar a Vologda van obligar Ivan IV a tornar a Moscou. Amb la marxa del rei, la construcció va cessar.
A causa de l'absència de serioses fortificacions, Vologda va patir molt la invasió de l'exèrcit polonès-lituà el 1612. Però la ciutat es va reconstruir ràpidament i fins i tot va superar la seva mida anterior. A finals del segle XVII, el centre històric de Vologda constava de quatre parts: Ciutat, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad i Zarechye. No obstant això, a principis del segle XVIII, la posició econòmica de Vologda es va debilitar una mica a causa de la fundació de Sant Petersburg i el desenvolupament del comerç al mar Bàltic.
El 1708 Vologda es va incorporar a la regió d’Arkhangelsk. Però ja el 1719 la ciutat es va convertir en el centre de la província de Vologda i, el 1796, el centre de la província de Vologda, que va existir fins al 1929.
Al segle XIX, la ciutat es va convertir en un lloc d’exili polític per a molts membres de la intel·lectualitat. El 1918, Vologda va jugar el paper de "capital diplomàtica" de Rússia durant 5 mesos. Després de la conclusió del Tractat de Pau de Brest, s’hi van traslladar temporalment ambaixades i missions d’onze estats principals, en particular: EUA, Gran Bretanya, França, Japó, Xina, Brasil, etc.
Ara Vologda és un popular centre turístic visitat tant per russos com per turistes estrangers.
