La història d’Ufa es remunta al segle V. Presumiblement, en aquella època es trobava un assentament medieval al territori de la moderna Ufa. Entre les ciutats més grans de l’Horda d’Or, el destacat autor àrab del segle XIV, Ibn Khaldun, va anomenar la ciutat de Bashkort (Bashgird). Ara, realitzant una anàlisi comparativa de mapes i designacions antigues, els historiadors arriben a la conclusió que és al lloc de l’esmentada ciutat vella on es troben els estands Ufa.
Estat oficial de ciutat
Al segle XVI, al territori de l'actual Ufa, es va ubicar la seu d'hivern del governador de l'Horda Nogai, Tura Khan. Després que part de Bashkortostan entrés al regne de la Moscòvia (1557), els residents locals es van dirigir a Ivan IV amb la proposta de construir una ciutat a les seves terres.
Al segle XVI (1574), es va construir una fortalesa prop del riu Sutoloka, és a dir, una fortalesa, i el lloc es va començar a anomenar districte d'Ufa i Ufa es va convertir en el seu centre. La presó d'Ufa es va construir sota el lideratge d'Ivan Nagy. Més tard enviat des de la capital, Mikhail Nagoy va ser el primer voivoda del districte, va dirigir la cabana d’escrivans d’Ufa (tenia dos-cents arquers al seu comandament).
Després de la construcció de les muralles de la ciutat, la fortalesa es va conèixer com el Kremlin. Com a protecció addicional, es va construir una tanca al seu voltant a partir de troncs sòlids que es conduïen fort l'un al costat de l'altre i, a les dues cares oposades de l'estructura, a les parts nord i sud, es va erigir una torre de roure.
Al segle XVIII, la ciutat es va veure afectada per la guerra dels camperols, la revolta va ser suprimida. Després d'això, Ufa es va fusionar amb la província de Kazan, una mica més tard, amb la província d'Orenburg. A principis del segle XIX, les autoritats locals es dedicaven a la planificació urbana. L’arquitecte V. Geste va dibuixar un plànol dels carrers ampliats de la ciutat. El carrer Bolshaya Kazanskaya va ser portat a la futura plaça Gostiny Dvor i la plaça Verkhne-Torgovaya.
El segle XX
El juliol de 1922, per decisió del Comitè Executiu Central de tota Rússia, es va abolir la província d’Ufa. Als anys 20-30 del segle passat, la ciutat va començar a desenvolupar-se ràpidament. La producció industrial bruta ha crescut 16 vegades. Durant la Gran Guerra Patriòtica, diverses desenes d’empreses industrials van ser evacuades a Ufa. Diversos instituts de recerca també van ser evacuats aquí.
En relació amb l'augment de la producció de petroli després de la guerra, a Ufa es van construir grans refineries de petroli, es van desenvolupar activament la construcció de màquines i la indústria química.