Per primera vegada es va esmentar Novgorod a la crònica el 859: aquesta data es considera el punt de partida de l’època de la ciutat. El 862 al "Conte dels anys passats" hi ha una història sobre la vocació dels varegs a Rússia. El més gran dels varegs que van venir, Rurik, va començar a regnar a Novgorod.
A principis del segle XI, Novgorod no es diferenciava d’altres ciutats de la Rússia de Kievan per la seva estructura. Però el 1014, el príncep Yaroslav el Savi es va negar a retre homenatge a Kíev i, de fet, Novgorod es va independitzar. La construcció de les parets de pedra de la ciutat i de la catedral de pedra de Sofia comença a Novgorod.
A la segona meitat del segle XII, els novgorodians van adquirir el dret a una veche (van començar a elegir un bisbe) la màxima autoritat eclesiàstica. A finals del segle XII, els novgorodians van rebre el dret de convidar prínceps de qualsevol ciutat a governar i a celebrar un acord amb ells. El 1226, Alexander Yaroslavovich, que més tard fou anomenat Nevsky, va pujar al tron de Novgorod.
Al segle XIV, la ciutat es deia República de Novgorod i era una de les regions més grans i riques d'Europa. La república incloïa els territoris de les actuals regions de Novgorod, Pskov, Leningrad, Arkhangelsk i les repúbliques autònomes de Komi i Carèlia. La majoria de les lletres d’escorça de bedoll descobertes també pertanyen a aquesta època. Però a la fi del segle XV, els novgorodians juren fidelitat al príncep de Moscou Ivan III.
El 1570, Ivan el Terrible arriba a Novgorod per pacificar la gent del poble, acusat d’una falsa denúncia del desig d’anar a Lituània. Els guàrdies han estat destrossant i robant Novgorod durant diverses setmanes i diversos milers de residents són assassinats.
A principis del segle XVII, durant l'època dels problemes a Rússia, Novgorod va ser ocupada pels suecs, la població es va reduir a 800 persones. A la segona meitat del segle XVII, Novgorod va ser establert per colons de Valdai, Tikhvin i altres ciutats dels voltants. Al segle XVIII, amb el començament de la construcció de Sant Petersburg, Novgorod finalment perd la seva importància comercial i econòmica. A finals del segle XVIII, Novgorod es va començar a reconstruir segons el pla general. El 1862 es va obrir a la ciutat el monument del Mil·lenni de Rússia.
Durant la Gran Guerra Patriòtica, Novgorod va ser ocupada pels nazis a l'agost de 1941. El 20 de gener de 1944 va ser alliberat per les tropes soviètiques.
El 1959 Novgorod va celebrar el seu 1100è aniversari.
